L'histoire d'Irregular at Magic Highschool est basée sur un light novel et se déroule dans une histoire alternative où la magie est polie par la technologie. À l'origine, Tatsuya Shiba devient un élève du Premier Lycée de Magie en tant qu'étudiant de Classe 2 (ou Weed). Comme Tatsuya a obtenu de mauvais résultats à son examen d'entrée, il est considéré comme inepte en matière de magie et est initialement classé dans la "deuxième classe".
Cela conduit les autres à le sous-estimer, mais tous se trompent brusquement en trouvant Tatsuya stupidement fort. En réalité, il est né en tant que magicien spécialisé, excellant dans diverses compétences telles que la décomposition, la repousse et la vision élémentaire. Il possède des compétences magiques uniques qui surpassent celles de presque tout le monde. Il excelle également au ninjutsu et se spécialise dans le combat et les assassinats.