Danganronpa : The Animation se déroule à l'académie Kibôgamine, un lycée d'élite dont les élèves sont réputés pour devenir de futurs pionniers. Naegi Makoto et ses camarades de classe sont acceptés dans l'école, mais leur bonheur est de courte durée, car le directeur (un ours robotique) connu sous le nom de Monokuma, les informe qu'ils doivent participer à une tâche pour être autorisés à poursuivre leur vie et leur avenir : l'un d'entre eux doit assassiner l'un de ses pairs sans se faire prendre par personne. Si le tueur est attrapé, il sera lui-même tué, et les joueurs restants devront tenter à nouveau le stratagème.